Dopo anni passati a nascondersi dal mondo umano, le Tartarughe Ninja decideranno di uscire dall'ombra per sconfiggere una pericolosa banda criminale. Con l'aiuto della giovane giornalista April O'Neil affronteranno l'esercito di mutanti al servizio della banda e diventeranno gli eroi che tutti conoscono. Conquistati i cuori degli abitanti di New York, vivranno quindi una vita da normali teenager.