In un lontano futuro, la guerra fra la razza umana e gli alieni conosciuti come Gamilons ha completamente distrutto la Terra. Asteroidi radioattivi hanno devastato il pianeta rendendo la sua atmosfera inabitabile. In un tentativo di salvare la Terra, la regina Starsha del pianeta Iscandar offre alle forze terrestri una tecnologia in grado di neutralizzare totalmente le radiazioni. Per poter recuperare questa tecnologia, la corazzata spaziale Yamato, costruita sulla base dei resti di un relitto della seconda guerra mondiale, viene fatta partire per lo spazio in un viaggio verso un luogo distante 148.000 anni luce. L'equipaggio della Yamato ha un solo anno terrestre per giungere a Iscandar e tornare sulla Terra, o la razza umana si estinguerà.