NCIS: Origins segue le vicende del giovane Leroy Jethro Gibbs nel 1991, 12 anni prima degli eventi di NCIS - Unità anticrimine, ed è narrato da Mark Harmon. Nella serie, Gibbs inizia la sua carriera come agente speciale novizio nel nascente ufficio NIS di Camp Pendleton, dove trova il suo posto in una squadra grintosa e disordinata guidata dalla leggenda dell'NCIS Mike Franks.