Avendo individuato in Callum l'ultimo discendente dell'andaluso Aguilar de Nerha, vissuto nella Spagna del XV secolo, la Abstergo vuole costringerlo a rivivere i propri ricordi ancestrali, attraver...so un futuristico macchinario denominato Animus, e a mettere così i Templari sulle tracce della smarrita mela dell'Eden, la reliquia in grado di controllare il libero arbitrio. Callum scopre in questo modo di appartenere all'antica Confraternita degli Assassini, che lotta da millenni contro i Templari per assicurare al mondo libertà e giustizia.