Sono passati due anni dalla fine della prima serie TV, ed Edward si trova ora in un mondo simile al nostro, precisamente nella Germania del 1923, e sta cercando in tutti i modi di tornare ad Amestris. Nel tentativo di tornare a casa, tuttavia, Ed ha attirato l'attenzione della Società di Thule, intenzionata ad aprire un portale per la leggendaria Shamballa, che cercherà in tutti i modi di impossessarsi dei risultati delle sue ricerche.